В том момент, когда в 1900 году был основан один из самых успешных немецких коллективов, состоял из 11 студентов, которые были владельцами магазинов и клерками из пригородного Швабинга. Первый успех пришел к мюнхенцам в 1932 году, когда под главенством Курта Ландауэра команда неожиданно для многих болельщиков выиграла чемпионат Германии.
После окончания Второй мировой войны Бавария на небольшой период ушла в тень, пропустив первый розыгрыш Бундеслиги-1963/64. Однако с приходом талантливых Герда Мюллера, Франца Беккенбауэра и Зеппа Майера результаты команды пошли стремительно вверх. После победы в Кубке Германии 1966 года мюнхенцы неожиданно для многих завоевали в следующем году Кубок кубков-1966/67.
В начале 70-х Бавария выходит на лидирующие позиции не только в ФРГ, но и на европейских полях. Усилившись Ули Хенессом и Паулем Брайтнером, немецкая "дримтим" три раза подряд завоевывала Кубок европейских чемпионов. В 1974-м Бавария в переигровке финала разрывает со счетом 4:0 Атлетико Мадрид, год спустя был обыгран английский Лидс Юнайтед - 2:0, а в 1976 году - Сент-Этьен - 1:0.
Поочередно звезды команды стали гаснуть или покидать клуб, что не помешало Баварии под руководством Карл-Хайнца Румменигге завоевать трофеи на внутренней арене. Достойно выступало за клуб и поколение Лотара Маттеуса. Под руководством Франца Беккенбауэра и с Юргеном Клинсманном на острие атаки баварцы в 80-е и 90-е выиграли десять золотых комплектов Бундеслиги, а в сезоне 1995/96 выиграли Кубок УЕФА.
В конце минувшего тысячилетия в команду приходят не менее талантливые футболисты, в числе которых был плеймейкер Мехмет Шолль, а также легендарный вратарь Оливер Кан. Пусть фортуна отвернулась от "Баварии" в финале Лиги чемпионов 1999 года с Манчестер Юнайтед, зато спустя два года подопечные Отмара Хитцфельда добились успеха в финале турнира с Валенсией. В сезоне 2009/10 немцы уже под руководством Луи ван Галя выиграли 22-е золото Бундеслиги и 15-й кубок страны, а также добрались до финала Лиги чемпионов, где уступили со счетом 0:2 миланскому Интеру имени Жозе Моуриньо.
