Дата основания — 19 января 1921. Основатели — группа студентов и их единомышленников. Первый президент —Жоау Гомеш. Гербом клуба выбран герб города Брага (согласно верованиям, изображенная на нем Богородица с Младенцем, приносит клубу удачу).

После 20 лет пребывания в низших лигах, в сезоне 1947/48, «Брага» наконец-то пробилась в элитный дивизион. В 1950 году вместо государственного стадиона «Кинта Митра» команда начала играть на «Примейру-де-Майю». Этот стадион прослужил клубу верой и правдой до 2003 года, когда рядом с городом был «высечен из скал» новый оригинальный стадион к Чемпионату Европы.

Единственный свой трофей «Брага» добыла в 1966 году, победив с минимальным счетом в финале Кубка Португалии «Сетубал» (герой матча — нападающий Мигель Анхель Перричон). В следующем сезоне команда Мануэла Палмейры впервые испробовала свои силы в еврокубках, дойдя до второго раунда Кубка кубков-1966/67.

С 1975 «Брага» постоянно играет в элитном дивизионе. В сезонах 1976/77 и 1981/82 "канониры" доходили до финала кубка страны. Смена стадиона в 2003 на «Брага Мунисипаль» позитивно отобразилась на успехах клуба — три четвертых места подряд в чемпионате (2005—2007), победа в Кубке Интертото в 2008.

В последние годы под руководством Домингуша Пасьенсии «Брага» достигла своих лучших результатов в истории — второе место в чемпионате 2009/10 и 11 подряд кампания в еврокубках в сезоне 2010/11, которая завершилась финалом Лиги Европы, в котором с минимальным счетом выиграл сосед по северу Португалии «Порту».