Футбольная команда в городе Дижон появилась еще в 1913. Профессионального статуса она никогда не получала, а первый трофей завоевала только в 1960, выиграв чемпионат Бургундии. В чемпионате Франции клуб в лучшем случае выбирался в третий дивизион.

Современный «Дижон» основан весной 1998 слиянием «Серле Дижон» и «Дижон ФК». Первым тренером стал Ноэль Тоси. Первый трофей к этой команде пришел быстрее — в 2000 «Дижон» выиграл Лигу 4.

В 2002 тренером клуба был назначен Руди Гарсия. С ним «Дижон» сделал качественный шаг вперед. Сначала взято третье место в Лиге 3, затем было четвертое место в Лиге 2, в шаге от повышения в элиту в первом же сезоне на новом уровне. Дальше клуб оставался одним из лидеров Лиги 2, пока в 2007 Руди Гарсия не пошел на повышение.

Едва не вылетев на третий уровень в 2007, «Дижон» сумел начать новый путь наверх и в сезоне 2010/11 сумел занять третье место в Лиге 2 и впервые в своей истории получить путевку в Лигу 1.