Клуб основан в 1909. В отличие от многих немецких команд, которые начинались с секций при гимнастических клубах, это был с самого начала исключительно футбольный клуб. «Боруссия» добилась неплохих результатов в 30-х и 40-х, но в общем была в глубокой тени своих соседей и принципиальных соперников из Гельзенкирхена. Лишь в 1947 «Боруссия» впервые оказалась выше «Шальке», победив его 3:2 в финале чемпионата Вестфалии.
В 1956 в присутствии 75 тысяч зрителей Дортмунд добыл свой первый всегерманский трофей, победив на берлинском «Олимпиаштадионе» 4:2 «Карлсруэ». В следующем году BVB победила в финале «Гамбург» 4:1, защитив таки образом свой титул. Причем сделав это абсолютно в том же составе, в котором выиграла прошлогодний финал — такого в Германии не случалось ни до, ни после. В континентальных соревнованиях успеха клуб не добивался, уступив в Кубке чемпионов в 1956 «Манчестеру Юнайтед», а в 1957 — «Милану».
В первый сезон Бундеслиги Дортмунд вошел в роли действующего чемпиона. В 1965 «Боруссия» выиграла Кубок Германии, а в следующем году — Кубок обладателей кубков, победив в финале в дополнительное время «Ливерпуль» 2:1. Однако дальше последовало падение, которое привело к четырехлетнему пребыванию (с 1972) во второй Бундеслиге.
В конце 80-х началось возвращение на вершины германского футбола. Первым успехом на этом пути стал выигрыш Кубка Германии в 1989. Под руководством Оттмара Хитцфельда клуб выиграл чемпионский титул в 1995, защитил его в 1996, добрался до финала Кубка УЕФА в 1993, где проиграл «Ювентусу», но потом взял реванш у Туринского гранда, победив его 3:1 в финале Лиги чемпионов 1997 года (финал проходил в Мюнхене). После той победы Дортмунд также взял Межконтинентальный кубок. Еще раз стать чемпионом удалось в 2002 поду руководством Матиаса Заммера, но тот сезон оказался лишь эпизодом.
В середине нулевых «Боруссия» ходила поду угрозой банкротства, но качественная работа с молодежью и удачный поиск неизвестных в большом футболе талантливых исполнителей помогли укрепить клуб и вернуть его на вершину. В 2010/11 Дортмунд под руководством молодого тренера Юргена Клоппа выиграл Бундеслигу, имея наиболее молодую согласно среднему возрасту игроков команду среди всех, когда-либо становившихся чемпионами Германии.
