ФК «Краснодар» основан 01.01.2007, а официальным днем рождения является 22 февраля 2008 — день получение клубом профессионального статуса. После этого последовала регистрация для участия в турнире второго дивизиона в зоне «Юг». В дебютном сезоне команда завоевала бронзу в лиге третьего российского уровня.

Перепрыгнуть на новый уровень команде помог финансовый кризис. Несколько клубов первого дивизиона не смогли продолжить свои выступления на прежнем уровне в связи с проблемными финансами, и «Краснодар» как призёр второй лиги заменил одного из выбывших. Клуб успешно прошел аттестацию и показал крепким середняком в первом своем сезоне в первой лиге.

По его окончании собственниками было поставлено задание уже в ближайшие годы стать первым на Кубани, что обусловит его дальнейшее развитие. И опять финансовый кризис помог команде — из премьер-лиги был исключен раменский «Сатурна», и «Краснодар» заняв пятое место во втором сезоне в первой лиге, благодаря стечению обстоятельств неожиданно быстро получил место в высшем дивизионе.

2011 — год дебюта команды в элите.