Клуб «Ганновер 96» основан 2 апреля 1896 года на базе спортивного клуба для школьников. Сперва культивировал регби и атлетику. Футбольная секция появилась только 25 июня 1899. В 1913 в реформированный «Спортивный клуб Ганновер 96» вошли все спортивные общества города. Первый президент клуба — Пауль фон Гинденбург (впоследствии президент Германии).

Первые успехи пришли в 30-х. В 1936 «Ганновер» играл в финале чемпионата Германии, в 1938 сумел взять титул, обыграв в финале «Шальке». Второй титул клуб взял в 1954, победив в финале чемпионата «Кайзерслаутерн», 5 игроков которого летом того года стали чемпионами мира в составе сборной Германии.

Не попав в Бундеслигу в сезоне ее основание, «96»-е сумели выбраться в нее во втором сезоне и сразу взяли 5 место и установили рекорд средней посещаемости (46 тысяч зрителей на матч). Дальше были места в середине таблицы и вылет в сезоне 1973/74.

Уже через сезон «Ганновер» возвратился в Бундеслигу 1, но в течение долгого времени боролся с финансовыми проблемам, полностью победив призрак банкротства только в середине 80-х. В следующие полтора десятилетия «Ганновер» являл собой команду-лифт, которая выстреливает лишь изредка — в 1992 был выигран Кубок Германии. С 2002 клуб в Бундеслиге 1 постоянно, но очень часто финиширует около зоны вылета.

10 ноября 2009 из-за депрессии покончил с собой вратарь «96»-х и сборной Германии Роберт Энке.