Клуб «Хоффенхайм 1899» основан 1 июля 1899 года как спортивное общество, объединявшее гимнастику, волейбол, борьбу и другие. Футбол был среди этих «других». ХХ столетие клуб провел в низших любительских лигах.

В конце 80-х годов ХХ века клуб перешел в руки богатейшего человека Германии Дитмара Хоппа, который в юности играл за «Хоффенхайм». Небольшой суммы на мячи и тренировочное оборудование оказалось достаточно, чтобы начать путь вверх из восьмого дивизиона.

В 1990 клуб стал чемпионом Крайсклассе и вернулся в Бециркслигу, где играл до 1989 года. В первом же сезоне в Бециркслиге взято первое место и сделан еще один шаг наверх. До 1996 «Хоффе» задержался вна 6-м уровне — Ландеслиге, но в конце концов выиграл и ее и поднялся в Фербандслигу. В 2000 клуб выиграл ее. В 2001 — первое место в Оберлиге и путевка в Региональлигу. В сезоне 2002/03 случилось первое в истории клуба участие в Кубке Германии — клуб вышел в 1/16. В следующем сезоне кубковый путь оказался длиннее — удалось забраться в ¼ (поражение 0:1 от «Любека». По пути был уделан 3:2 «Байер»).

В 2007 клуб принял Ральф Рангник, экс-тренер «Штутгарта» и «Шальке». Он вывел клуб в Бундеслигу 2. Во второй половине сезона 2008/09 клуб получил новый стадион — «Райн-Неккар-Арена» общей вместимостью 30 164 мест (21 118 сидячих и 9 146 стоячих). Население Зинсхайма, в состав которого входит бывшая деревня Хоффенхайм — 35 тысяч человек. Тогда же клуб завоевал путевку в Бундеслигу 1, где занял место твердого середняка.

С 2005 при клубе работает детско-юношеская академия, игроки из которой присутствуют во многих юношеских сборных Германии.