Команда «Крылья Советов» (Самара) основана в 1942 году. 30 июля 1944 года состоялся дебют «Крыльев Советов» в Кубке СССР. В матче 1/16 «Крылья Советов» уступили 1:5 московскому «Локомотиву». Первая игра в чемпионате СССР (2-я группа) состоялась 4 июня 1945 в Куйбышеве против «Торпедо» (Горький) — 1:1. 21 апреля 1946 года в Алма-Ате команда провела первый матч в высшем дивизионе СССР — проиграла Ленинградскому «Зениту» (1:2).

После распада СССР «Крылья Советов» остались в высшей лиге, где дебютировали в Москве 29 марта 1992 года, проиграв столичному «Спартаку» 0:5. В сезоне 1993 «Крылья Советов» заняли 14 место и выиграли переходный турнир за выживание. В сезоне 1996 «Крылья Советов» дошли до полуфинала Кубка России, в котором уступили московскому «Локомотиву».

В 1999 году пост президента команды получил вице-президент инвестиционно-промышленной группы «Сибирский алюминий» Герман Ткаченко, в следствие чего та усилилась известными игроками, впервые в истории попала в еврокубки, а также хорошо выступила в Кубке России, повторив собственное достижение 4-летней давности —полуфинал (поражение от «Анжи»).

6 июля 2002 года случился дебют «Крыльев» на евроарене, во втором раунде Кубка Интертото пройден латвийский «Динабург», а в следующем — вылет от «Виллем II». После сезона 2003 клуб покинул главный тренер Александр Тарханов, при котором самарцы из середняка превратились в одного из лидеров чемпионата.

Лучшее достижение в чемпионате случилось в сезоне 2004 — «Крылья» впервые вошли в тройку сильнейших, завоевав бронзу. В том же году, 29 мая самарцы сыграли в финале кубка, где только в добавленное время проиграли грозненскому «Тереку».

Сезон 2010 года стал самым трудным для команды в послелние 20 лет. «Крылышки» могла вообще исчезнуть как клуб. Причиной тому огромные долги. Однако благодаря массовым выступлениям болельщиков на уровне правительства РФ было принято решение о финансировании самарского клуба пулом федеральных и региональных спонсоров.