Клуб создан в 1944 слиянием клубов «Олимпик» Лилль и «Фива».Почти сразу команда пробилась в первый дивизион, а в 1946 стала чемпионом Франции. Далее были 4четбре комплекта серебряных медалей. В 1954 взят второй титул чемпиона страны.

Еще успешнее клуб выступал в Кубке, установив уникальное для Франции достижение — три победы подряд (в 1946—1948). Также «Лилль» брал кубок в сезонах «вокруг» второго чемпионства — в 1953 и 1955.

Через некоторое время «Лилль» начал терять статус лучшей команды севера страны, поскольку поднялся его сосед «Ланс». Матчи между этими командами стали принципиальными («северным дерби»).

Далее были десятилетия переходом между первым и вторым дивизионами. Лишь в 1990 клуб, до того принадлежавший государству, получил частных владельцев. С ними и начался путь к восстановлению репутации. В 2000 в четвертый раз выигран второй дивизион, а уже в 2001 «Лилль» впервые сыграл в еврокубках. 2004 принес победу в Кубке Интертото, а 2005 — серебряный медали чемпионата страны.

В 2004 клуб также переехал с «Гримонпре-Жорис» на загородный стадион «Лилль Метрополь», а в 2012 планирует еще один переезд — на совершенно новую арену на 50 000 зрителей. Успехи команды этому соответствуют. В последние годы «Лилль» трижды выходил в групповой раунд Лиги чемпионов и показал там себя крепким орешком даже для грандов европейского футбола, таких как «Манчестер Юнайтед» и «Милан».