Клуб создан в 1904 как «Società Studio e Divertimento» («Общество учебы и развлечений»). Цветами клуба стали чёрный и белый, взятые с герба города. Нынешнее название было принято в сезоне 1933/34. В следующем сезоне команда пробилась в Серию В.

Первый послевоенный чемпионат проходил по смешанной системе, в нем «Сиена» играла в высшей лиге юга, но то выступление не считается за участие в Серии А. В последующие годы команда продолжала играть в Сериях С1 и С2, иногда вылетая в Серию D.

Вперед началом нового столетия клуб начал движение вверх. В 2000 «Сиена» поднялась в Серию В (впервые за 55 лет). В сезоне 2001/02 команда едва не вылетела назад, уволив за плохие выступления тренера Джузеппе Пападопуло, но потом возвратив его, поскольку дела на лад не пошли. Уже в следующем сезоне Пападопуло вывел «Сиену» в Серию А, на …надцатых местах которой клуб проводит все последующее время кроме сезона 2010/11 (2 место в Серии В).