Клуб основан в 1928 году главой автомобильной компании «Пежо» (по сути, градообразующего предприятия города Сошо с 1912 года) Жан-Пьерром Пежо. В 1929 «Сошо» стал первым во Франции профессиональным клубом и, благодаря богатству основателя, мог позволить себе приглашать французских и иностранных звезд. В 1930 «Сошо» объединился с клубом АС «Монбельяр», после чего его полное название — «Сошо-Монбельяр». Бюджет клуба позволял организовывать собственные товарищеские турниры, например, Кубок Пежо, в котором принимали участие лучшие клубы страны того времени.
«Сошо» принимал участие в первом чемпионате Франции (1932/33). Из его участников в Лиге 1 сезона 2011/12 принимают участие только «Сошо», «Марсель», «Ренн» и «Ницца». В 30-х сошольенцы взяли два чемпионских титула и кубок страны. В составе блистал игрок сборной Франции на трех чемпионатах мира Этьенн Маттлер (один из пяти футболистов, сыгравших на всех трех чемпионатах мира до Второй мировой).
Война принесла в «Сошо» разруху. Вскоре после ее окончания случился первый вылет из Лиги 1, но при этом в клубе продолжала действовать скаутская служба для поиска по всей стране талантливой молодежи, организованная еще до войны. Со временем в клубе даже стали отвергать опытных игроков. В 1972 «Сошо» финишировал в Лиге 1 на третьем месте и получил путевку в Кубок УЕФА. Там дебют не удался — сошольенцы вылетели в первом же раунде от любительского датского ФРЕМ «Копенгаген».
В 1974 при клубе открылась собственная юношеская футбольная академия. Она подарила Франции Жоэля Батса, Бернара Женжини, Янника Стопиру, которые в 1984 помогли сборной выиграть домашний чемпионат Европы. В 1981 клуб вышел в полуфинал Кубка УЕФА. В 1987 команда вылетела из Лиги1, но смогла вернуться благодаря новым талантам из академии.
В конце 90-х «Сошо» опять свалился в Лигу 2, где серьезно застрял, пока за дело не взялось новое поколение своих воспитанников — Педретти, Фрау, Мерьем, Монсоро. В новом тысячелетии клуб обновил стадион, переселил юношескую академию в замок Селонкорт. После большого перерыва пришли трофеи — Кубок лиги в 2004 (в финале по пенальти побежден «Нант»), Кубок Франции 2007 (через 70 лет после предыдущего). Затем был еще один вылет из элиты и еще одно возвращение. «Сошо» удерживает лидерство по количеству сезонов, проведенных в Лиге 1.
