Команда основана в 1957 году как «Буревестник». Достижение в первом же сезоне — 3 место в своей зоне Класса «Б». Первое заметное достижение в кубке — 1/8 финала в сезоне 1959/60. В том турнике томский на то время «Сибэлектромотор» переиграл «Динамо» Киев. 50-е годы принесли чемпионство Сибири. В последующие десятилетия команда часто переименовывалась и наилучшую память о них оставила как «Томлис» во второй группе класса «А».

После расформирования Союза «Томь» оказалась в первой лиге, группа «Восток», откуда вылетела через два года. В 1997 случилось возвращение на семь лет в первую лигу, а в 2004 последовал подъем в элиту.

В Премьер-Лиге команда обосновалась около вершины второй половины таблицы, лишь раз — в 2006 году — выскочив на 6-е место. Через 4 года после повышения в классе «Томь» показал себя в Кубке России, выйдя в полуфинал в сезоне 2007/08.

Команда также имела проблемы с финансированием в последние годы, и ее судьба решалась на самом высоком уровне, и решилась удачно.